O Orçamento Participativo Eu Conto! está organizado em duas fases:
A primeira fase inicia com a divulgação da iniciativa e a recolha de propostas, seguindo-se as etapas de avaliação, de votação e anúncio da(s) proposta(s) vencedora(s).
A segunda fase inicia logo após o anúncio da(s) proposta(s) vencedora(s) com os procedimentos necessários à concretização do(s) projeto(s) vencedor(es), para que sejam iniciados no mais curto espaço de tempo possível.
A operacionalização do Orçamento Participativo Eu Conto! rege-se pelas suas Normas de Funcionamento.